Son cloître était traversé par la [[rue du Cloître Saint-Merri]].
En 1802 l'ancienne chapelle du [[couvent des Capucins (3e)|couvent des Capucins]] est rendue au culte et érigée en seconde succursale de la paroisse Saint-Merri sous le titre d'église Saint-François d'Assise<ref>[http://books.google.fr/books?id=R7qocwILe8IC&hl=fr&pg=PA104 Nouvelle histoire de Paris et de ses environs Par Jules de Gaulle,Nodier (p. 104-105)]</ref><ref>[http://books.google.fr/books?id=hDZEEXrl1KgC&hl=fr&pg=PA396 Dictionnaire historique des monuments de la ville de Paris Par Baptiste de Roquefort (p. 396-397)]</ref>.