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En plus des Thermesthermes, de l'hôtel et du musée et ses nombreuses collection on y trouve un jardin d'inspiration médiévale, créé en 2000, le [[jardin de Cluny]]. L'œuvre la plus ancienne du musée, et c'est également le plus ancien monument de Paris, est le ''pilier des Nautes'', colonne monumentale gallo-romaine, du I{{er}} siècle, découverte au XVIII{{e}} siècle sous la [[cathédrale Notre-Dame de Paris]], offrande des bateliers de la Seine (les nautes) à l'empereur romain Tibère. Le ''pilier des Nautes'' est exposé dans la salle du ''frigidarium'' des thermes. On y trouve une partie du suaire mortuaire de Charlemagne du IX{{e}} siècle et la série de ''La Dame à la licorne'', tenture composée de six tapisseries de la fin du XV{{e}} siècle.