Ce pont est présent sur les [[plans de Paris en 1760 et 1771]], il fait l'objet d'un classement au titre des monuments historiques depuis 1889. En 1991, il a été inscrit au patrimoine mondial de l'Unesco, avec l'ensemble des quais de la Seine à Paris.
C'est au niveau du Pont Neuf qu'a été construite la première machine hydraulique de pompage en Seine, la [[pompe de la Samaritaine]], en 1608.