En plus des thermes, de l'hôtel et du musée et ses nombreuses collection on y trouve un jardin d'inspiration médiévale, créé en 2000, le [[jardin du musée de Cluny]].
L'œuvre la plus ancienne du musée, et c'est également le plus ancien monument de Paris, est le ''[[pilier des Nautes]]'', colonne monumentale gallo-romaine, du I{{er}} siècle, découverte au XVIII{{e}} siècle sous la [[cathédrale Notre-Dame de Paris]], offrande des bateliers de la Seine (les nautes) à l'empereur romain Tibère. Le ''pilier des Nautes'' est exposé dans la salle du ''frigidarium'' des thermesavec le ''[[pilier de Saint-Landry]]'', du II{{e}} siècle, Haut Empire, découvert en 1829 à l'occasion de travaux sur l'[[île de la Cité]], également exposé au musée de Cluny<ref name="piliers">[http://www.musee-moyenage.fr/collection/oeuvre/pilier-de-saint-landry.html Pilier des nautes et Pilier de Saint Landry sur le site du musée de Cluny]</ref>.
On y trouve une partie du suaire mortuaire de Charlemagne du IX{{e}} siècle et la série de ''La Dame à la licorne'', tenture composée de six tapisseries de la fin du XV{{e}} siècle.