La rue Geoffroy-Saint-Hilaire est formée à partir de la [[rue du Marché aux Chevaux]], qui desservait le [[Marché aux Chevaux|marché du même nom]], et de la [[rue du Jardin du Roi]].
Elle doit son nom actuel à Étienne Geoffroy Saint-Hilaire (1772-1844), zoologiste (voisinage du [[Jardin des Plantes de Paris|Jardin des plantes]]).